Le club est issu de la fusion du Stade Raphaëlois, club fondé en 1905, et de l'ES Fréjus, club fondé en 1938. La réunion des deux clubs, le 16 mars 2009, marque la création de l'Etoile Football Club Fréjus Saint Raphaël, qui évolue pour sa première saison en National, c'est-à-dire au troisième échelon footballistique français.

Lors de la saison 2009-2010, le nouveau club réalise une saison très satisfaisante en finissant huitième sur vingt avec cinquante-quatre points, mais tout de même dix-sept points d'écart avec le troisième. Pour la saison 2010-2011, fier de ce succès, le club se déclare candidat à la montée en Ligue 2 et tient cinq journées sur le podium en début de saison. Le club finit sixième, juste derrière Cannes et Strasbourg.

Son numéro dix n'est autre que Jordi Delclos, ancien de Perpignan Canet.

En Coupe de France, Fréjus St Raphaël a éliminé Vedène (0-2) puis Martigues (1-1, 4 tab à 1) et enfin Aubagne (0-1).

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